Специальные проекты "Ферганы.Ру" представляют собой "сквозные" темы, объединенные в один блок публикаций. Выбрав одну из нижеперечисленных ссылок, вы сразу получаете доступ практически ко всем публикациям, посвященным какой-то конкретной проблеме.

- Колонка эксперта (аналитика, комментарии)

- Центрально-азиатский словарь (традиции, мифология, культура)

- Чужие города (интервью с иностранцами, живущими в городах Центральной Азии)

- Книжная полка (обзор книжных новинок)

- Водные проблемы региона (засуха, дефицит влаги для полива, гидроэнергетика)

- Продовольственный кризис (подорожание продовольственных товаров в странах региона, дефицит продуктов)

- Хлопок (проблемы монокультуры, принудительное использование детского труда)

- Анклавы долины (существование анклавов Ферганской долины)

- Миграция, беженцы (трудовая миграция, политическое убежище, адаптация переселенцев)

- Озеро Сарез (потенциальная катастрофа региона)

- Научный клуб (публикации научных и околонаучных работ)

- Припоминающийся дом (литературно-философский непериодический журнал)

-  «Сайт заблокирован в Узбекистане» (Кампания против фильтрации и блокировки сайтов, против Интернет-цензуры)

- Андижан, 13 мая 2005 года (все аналитические публикации о трагедии в Андижане)

- Революция-2 (все публикации о смене власти в Кыргызстане в апреле 2010 года)