На протяжении нескольких десятилетий Свято-Никольский храм русской православной церкви в Фергане нуждается в срочной реконструкции. Особенно сильно храм пострадал от большого пожара в 2002 году. В результате этого, одно из самых красивых зданий города, построенное еще в начале прошлого века, пребывает в плачевном состоянии.

По словам настоятеля Ферганского храма Святого Преподобного Сергея Радонежского Отца Вячеслава, на реконструкцию храма требуется, по предварительным подсчетам, около 50 миллионов сумов (примерно 48 тыс. долларов). Однако на сегодняшний день этих средств в казне города нет.

Свято-Никольский храм находится на территории войсковой части. Эта, так называемая "гарнизонная церковь", использовалась в советское время в качестве овощехранилища и склада боеприпасов. В начале 90-х годов храм был передан военными Ташкентско-Среднеазиатской епархии Русской Православной Церкви.

Церковь Святого Николая - первое православное строение военно-административного центра Ферганской области. На 14 тысяч населения города Скобелева (старое название Ферганы) в 1914 году в городе были три православных церкви, более 10 мечетей и молельных домов для 3 216 жителей-узбеков.

В настоящее время в Фергане находится один православный приход, располагающийся в здании католической кирхи, построенной также в дореволюционное время. Количество активных прихожан в Фергане насчитывает несколько тысяч человек.